La Mer Egée est limitée sur trois côtés par le continent ou des péninsules ; au sud, un chapelet d'îles la sépare du bassin oriental de la Méditerranée : Cythère, la Crète, Karpathos et Rhodes. D'est en ouest, elle est large de 300 à 400 km ; du nord au sud, elle fait 600 km.
Elle baigne une très grande quantité d'îles dont la principale est la Crète. Chacune des zones comprend des îles importantes :
- zone septentrionale, cinq îles principales appartiennent à la Grèce : Thasos, Samothrace, Lemnos, Lesbos, Chios et Samos, la capitale locale est Mytilène. Deux autres îles appartiennent à la Turquie : Imbros et Ténédos.
- À l'Ouest, près de la Grèce continentale, les îles Sporades.
- zone méridionale : les Cyclades et le Dodécanèse (Rhodes) appartiennent à la Grèce. Capitale : Hermoupolis.
Ses fonds les plus profonds se trouvent au nord de la Crète, et atteignent 2 100 mètres. Le plateau continental (profondeur inférieure à 200 m) est très limité.
La mer Égée est une mer grecque depuis plus de quatre millénaires : jusqu'à 1922 et le traité de Lausanne (qui donne la rive orientale à la Turquie et provoque des déplacements de population), toutes les îles, et les côtes nord, est et ouest de la mer étaient peuplées en majorité de Grecs.